К октябрю 1888 года экспедиция добралась до до русско-китайской границы, проходящей в сравнительной близости от Иссык-Куля — города Кароколя (Туркестан), откуда должно было начаться путешествие. Во время охоты в долине реки Кара-Балта Пржевальский, выпив речной воды, заразился брюшным тифом. Неожиданно 16 октября он почувствовал себя так плохо, что согласился послать за врачом. Врач осмотрел его, прописал лекарство, но болезнь продолжала развиваться.
19 октября Пржевальский уже осознал, что его жизнь и карьера завершается.
Путешественник отдал последние распоряжения и, заметив слезы на глазах окружающих, назвал их бабами. «Похороните меня, — сказал он, — на берегу озера Иссык-Куль, в моей походной одежде. Надпись просто: «Путешественник Пржевальский».
Так и сделали, выбрав ровное место в 12 км от города Каракол. Грунт оказался в этом месте твердым, и могилу солдаты и казаки копали в течение двух дней. Тело Пржевальского положили в два гроба: внутренний – деревянный, и внешний – железный. Хоронили Николая Михайловича с великими почестями — как и подобает великому учёному с мировым именем. К могиле Н.М. Пржевальского всегда — настоящее паломничество. Её посещает огромное число людей.